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消毒的過程和目的是消毒介質的滲透、細菌的消滅、去除，使系統的微生物污染數量下降到可接受水平 。當系統使用不銹鋼管道來輸送純化水，80°C的巴氏消毒相對與化學消毒有更多的優點。純水設備在巴氏消毒過程中有在線的溫度控制，可以監控管壁及設備的溫度，連續的溫度記錄簡化了消毒確認，消毒以后無需進行消毒介質殘留量的測定。消毒過程是自動操作，所以消毒可以在常規工作時間之外進行且不需要操作員在場。絕大部分生長態的微生物不耐熱，而且熱具有很強的穿透能力，在足夠長時間下傳遞至系統中的墊圈、 隔膜閥片的小縫隙等化學消毒劑難以有效到達的部位，實驗室純水設備對這些部位的消毒效果是化學消毒劑無法相比的。1%的雙氧水需30分鐘起到消毒效果，而60°C的熱水只需10分鐘可到達消毒效果⑻。分析數據表明熱水在該消毒方式檢測數值以下比1%的雙氧水去除存活的微生物數目更有效⑼。用雙氧水滅菌以后5~6天后微生物數目開始不斷反彈，用熱水消毒（每30天消毒一次）微生物數目7個月后保持在零或接近零。

隨著科技的不斷發展，國外已經用PVDF⑺作為純化水的輸送管道，需要用臭氧、雙氧水等來進行定期消毒 。

一個好設計同時需要一個好的安裝才能達到期望的目標 。目前在我國還沒有一個生物工藝裝備（Bioprocessing Equipment）的施工規范⑷，因此采用美國的ASME BPE標準是有必要的。純水設備，醫用GMP純化水設備，醫用水處理設備。蘭州純水設備。